این ساختمان که در پشت عمارت عالی قاپو قرار دارد روزگاری مطبخ و زندان کاخ بودهاست.
همچنین گفته میشود این بنا در عهد شاه عباس اول محل تجمع صوفیان بودهاست و گروهی از ایشان در شبهای جمعه در این محل، گرد آمده و به جان شاه دعا میکردهاند. حتی گفته شده که خود شاه نیز گاهی در این حلقه حضور مییافته است.
توحیدخانه در روزگار صفوی محل عبادت صوفیان و جایگاه «خلیفه الخلفا» قطب و پیشوای صوفیان صفوی بود که به عنوان یک مکان مقدس، گاه عدالتخواهان در آن بست مینشستند و هیچ کس حق نداشت با سلاح وارد آن شود. در سالهای حکومت قاجار، دیگر این محل یک مکان مقدس و امن به حساب نمیآمد و در دوران پهلوی با یک اقدام نسنجیده گنبد توحیدخانه تبدیل به زندان گردید و در قسمتی از زمینهای توحیدخانه ساختمانهایی برای شهربانی احداث گردید.
این سازه هم اکنون در میان صحن دانشکده معماری دانشگاه هنر اصفهان قرار دارد.